Bortetapet betyr at danskene må score på hjemmebane i Parken neste uke.
Mario Balotellis brasilianske navnebror, Jonathan, scoret kampens eneste mål i Skopje da han utnyttet en klønete klarering, og banket ballen opp i nettaket etter 65 minutter.
FC København er presset på skadefronten og gikk med nød og neppe videre til tredje kvalifiseringsrunde. Danskene vant 3-1 på bortebane i første kamp, men tapte 1-2 hjemme mot Zilina fra Slovakia.
Vardar Skopje knuste mesterligadrømmen til Jo Inge Berget og Magnus Wolff Eikrem i svenske Malmö med 4-2-seier sammenlagt.
Med seier over to kamper vil Solbakken og co. være et omspill unna nok et eventyr i den gjeveste europacupen.
Per-Egil Flo var ikke i troppen da Slavia Praha vant 1-0 over BATE Borisov i første kamp i Tsjekkia tirsdag. Verken Omar Elabdellaoui eller Tarik Elyounoussi var å se på spillerlisten til Olympiakos til grekernes kamp mot Partizan Beograd.
NTB
